2023-11-05，Galaxy生信云平台 UseGalaxy.cn 新增绘制热图工具。
Graph/Display Data
- heatmap2 (Galaxy Version 3.1.3+galaxy0)
使用方法
进入网址：
数据准备
需要准备矩阵形数据，可用平台的测试数据（heatmap_test.tsv）练习，如下表：
- 第1列，是基因名，或其他名称
- 第2 - 最后一列，是各样本的表达量，或其他所要展示的值
默认参数绘图
选择输入数据表，其他参数保持默认，点击Run Tool，得到结果：
设置标题
- Plot title: Heatmap by UseGalaxy.cn
- key title: FPKM
效果图：
行列聚类
可以设置是否聚类，聚类行或者列（默认行/列都聚类）。还可以设置计算距离的算法，以及聚类。在这里选择ward.D2聚类方法，如图：
结果如下：
标准化数据
在聚类之前，可以对数据进行标准化。
- 按行标准化
- 按列标准化
调色板
本热图工具支持R语言流行的RColorBrewer包中的颜色方案，或者指定2个颜色之间的渐变，或3个颜色之间的渐变。
这里选择 RColorBrewer 包的 Blues 颜色方案，结果如图：
友情提示
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